Arhiv ima slijedeće ustrojbene jedinice:

    1. 1. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog gradiva od nacionalnog značaja – arhivski fondovi Dubrovačke Republike, francuske uprave i starijeg arhivskog gradiva Korčule do 1797.,
    1. 2. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog gradiva uprave od 1814. do 1945.,
    1. 3. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog gradiva uprave od 1945.,
    1. 4. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog gradiva pravosuđa, notarijata i odvjetništva,
    1. 5. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog gradiva osobnih i obiteljskih fondova i zbirki, kulturnih, prosvjetnih, socijalnih i zdravstvenih ustanova, društvenih i političkih organizacija društava i udruženja,
    1. 6. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog gradiva gospodarskih, novčarskih i pomorskih fondova,
    1. 7. Odjel za zaštitu i obradu arhivskog i registraturnog gradiva izvan arhiva,
    1. 8. Odjel za fotografiju, mikrografiju, reprografiju i digitalizaciju arhivskog gradiva, dokumentacijsko-informacijske poslove s knjižnicom,
    1. 9. Laboratorij za konzervaciju i restauraciju arhivskog gradiva,
    1. 10. Odjel za pravne, upravne, računovodstvene i opće poslove Arhiva.